En Alejandro : La Hora de los Héroes, el jugador asume el papel de tres soldados de élite alineados con Alejandro Magno: Megacles (fuerza bruta), Ekhedem (luchador con espada) y Bilikidi (armas a distancia). Cumplen órdenes de Alejandro. El jugador los controla con los típicos controles de tipo Diablo : al hacer clic con el mouse para moverse y atacar, se alcanzan habilidades especiales a través de menús en el borde de la pantalla. Debido a que hay tres personajes en lugar de uno para controlar, el juego incluye una función de pausa similar a Baldur's Gate donde el jugador detiene el tiempo y da órdenes. Por cada enemigo asesinado y misión resuelta, los personajes reciben puntos de experiencia. Estos se pueden usar para mejorar las habilidades de combate y las habilidades especiales del personaje. Aunque el modo de juego está orientado a la acción, las misiones tienen objetivos más variados que "matarlos a todos". En el segundo modo de juego llamado Arena, el jugador se enfrenta a hordas de monstruos y recibe trofeos por derrotarlos.