Michael Thorton. Un nombre sin pasado. Una persona cuya vida antes de unirse a Alpha Protocol ya no existe. Alpha Protocol es un servicio clandestino sin vínculos con el gobierno de los EE. UU. y especializado en operaciones encubiertas para proteger el hogar y el país. La misión de Thorton: asesinar al líder de Al-Samad conocido como "Shaheed". El crimen de Shaheed: destruir un avión de pasajeros en Oriente Medio. Una tarea fácil, al parecer. Pero la vida nunca es tan fácil, especialmente si uno tiene que lidiar con terroristas. Al final, Shaheed es solo el comienzo de una conspiración mayor y Mike y el jugador deben resolverla. Alpha Protocol es un híbrido entre juego de rol y shooter, que tiene ciertas similitudes con Deus Ex . El jugador toma el control de Michael Thorton después de su iniciación en el mundo de Alpha Protocol, mirando por encima de su hombro. Al comienzo del juego, el jugador tiene que elegir una de cuatro clases (Soldado, Agente de campo, Especialista técnico, Freelancer). La elección determina principalmente su pasado, ya que puede cambiar todas las habilidades predefinidas antes del inicio final del juego. Además, el jugador tiene que personalizar el aspecto básico de Mike, aunque durante el transcurso del juego todavía puede cambiar su apariencia en su casa segura y en ciertos casilleros dispersos por los niveles. Sin embargo, está limitado a los rasgos faciales (incluido el color) y la ropa. Después de la primera misión, el jugador avanza en la historia enviando al protagonista a Roma, Moscú y Taipei, en cualquier orden. Aquí, el jugador puede seleccionar y preparar su próxima misión en paz. Hay un televisor que le permite al jugador mantenerse al día con los eventos actuales (o conseguir nuevas asignaciones), un armario de armas para elegir su equipo y, lo más importante, un ordenador para consultar su correo electrónico y visitar el "Clearinghouse". Este último es un servicio del mercado negro donde el jugador puede vender cosas que encuentra durante las misiones y comprar equipo adicional (incluyendo armas, armaduras y artículos especiales) o mejoras como un cargador más grande para la pistola. Sin embargo, el dinero necesario para eso, el jugador debe ganarlo por sí mismo. Alpha Protocol no quiere que se le rastreé hasta Mike, por lo que durante las misiones, el jugador no solo cumple con sus objetivos asignados (ya sea capturar o matar a un enemigo o encontrar información), sino que también está atento a bolsas de dinero tiradas por ahí o formas de convencer a otras personas para que le den algo. El sistema de conversación es algo similar a Mass Effect 2 , ofreciendo varias opciones diferentes que no explican toda la oración, sino solo el tono o el tema de la respuesta. A diferencia del juego de BioWare , el jugador solo tiene un tiempo limitado para hacer su elección. La cantidad de opciones disponibles que tiene el jugador depende en gran medida de cuánto sepa Mike sobre la persona a la que se enfrenta, lo que aumenta la necesidad de que recopile información antes, durante y después de las misiones. Una forma de hacerlo es Clearinghouse, que también ofrece formas de hacer que una misión sea más fácil, como sobornar a un grupo de guardias para que no se presenten a trabajar ese día. Dependiendo de su elección durante un diálogo o simplemente al responder un correo electrónico de una manera especial y durante el juego normal, no solo cambia su relación con la persona con la que está hablando: las noticias de las acciones del jugador viajan por todo el mundo, cambiando la forma en que los enemigos y amigos ven al jugador incluso antes de su primer encuentro, lo que hace que a veces sea más fácil o más difícil para Mike persuadir a su oponente. Cada persona en el juego incluso reacciona a ciertos tipos de actitudes mejor que otras. Ser amable con Mina (otra empleada de Alpha Protocol) puede parecer una buena idea al principio, pero ella es más del tipo profesional, por ejemplo. Si todo falla y Mike se dirige al objetivo principal, tiene otras opciones para hacer frente a la situación, la más obvia es sacar una de sus distintas armas y abrirse paso a tiros durante la misión. Pero incluso así, simplemente entrar y apretar el gatillo es en su mayoría un desperdicio de munición, ya que tomarse el tiempo y apuntar aumenta no solo la precisión, sino también la posibilidad de anotar un golpe crítico. Si el jugador es más pacífico y/o sigiloso, puede optar por el camino del sigilo. Esto le permite derribar de un solo golpe a un enemigo desprevenido, así como evitar muchos obstáculos. Especialmente el sigilo implica mucho hackeo, abrir puertas con ganzúas y redirigir dispositivos electrónicos para esquivar a los enemigos, detener alarmas o simplemente obtener información adicional. Cada una de estas tareas implica un pequeño minijuego que aumenta en dificultad a medida que el jugador avanza en el juego. Cada asesinato, hackeo, diálogo exitoso y objetivo de misión completado le otorga a Mike puntos de experiencia que a su vez le permiten subir de nivel y ganar puntos de avance. Estos se utilizan para mejorar las nueve habilidades disponibles, como "Sigilo" o "Rifles de asalto", hasta 10 veces. Si una habilidad se mejora por completo, el jugador puede elegir especializarla, desbloqueando 5 rangos adicionales en los que invertir puntos. Sin embargo, esto solo se puede hacer para tres habilidades. Invertir puntos en una habilidad desbloquea bonificaciones permanentes, como menos retroceso al usar una pistola, y habilidades especiales. "Conciencia", por ejemplo, es una habilidad de sigilo que permite al jugador ver a todos los enemigos y en qué dirección están mirando en ese momento, incluso a través de las paredes. En los rangos de sigilo más altos, este efecto se vuelve permanente.