Abstergo Industries, la fachada moderna de la organización de los Templarios, ha abierto una filial de entretenimiento en Montreal, Quebec, utilizando tecnología avanzada que permite revivir fragmentos de las vidas de personas del pasado. El protagonista anónimo es contratado por la empresa para conectarse con la vida de Edward Kenway, un corsario galés que vive en el siglo XVIII. A través de una serie de eventos, Edward asume la identidad de un miembro rebelde de los Asesinos que informa a Laureano Torres, el Gobernador de Cuba y también el Gran Maestro de los Templarios. Inicialmente motivado por la codicia, Edward se encuentra en desacuerdo con los Templarios y los Asesinos, quienes persiguen a un hombre misterioso conocido como el Sabio para obtener acceso a la tecnología secreta de la Primera Civilización.
Assassin's Creed IV: Black Flag es la sexta entrega importante de la serie. Si bien presenta un nuevo protagonista histórico, su historia moderna continúa la trama general, en particular el arco que comenzó en Assassin's Creed III . La mayoría de los elementos familiares de las entregas anteriores regresan, incluido el movimiento de forma libre, la posibilidad de escalar edificios, un sistema basado en misiones con misiones principales y secundarias, administración de armas, recolección, etc. Aparte de algunos ajustes, el sistema de combate también permanece prácticamente sin cambios.
El mundo del juego es más grande que en cualquiera de los juegos anteriores y se puede explorar de manera fluida, sin transiciones ni cargas entre la navegación en barco, la natación y la exploración de la tierra. Se puede explorar físicamente gran parte del mar Caribe, incluidas tres ciudades completas (La Habana, Kingston y Nasáu), así como asentamientos más pequeños e islas deshabitadas. El protagonista ahora puede cazar animales, pescar y descubrir mapas de tesoros. Al principio del juego, Edward obtiene acceso al Jackdaw, un barco que se puede equipar, mejorar y utilizar en batallas navales. También es posible reclutar miembros de la tripulación para el barco.