A finales del siglo XX, el calentamiento global consume el 75% de la tierra habitable del mundo, obligando a la humanidad a construir nuevas ciudades elevadas sobre las que ahora ocupa el mar. Pero las inundaciones no solo han arrasado la tierra. Millones de personas han muerto también, dejando a la fuerza laboral de las humanidades severamente mermada y, como resultado, se ha creado una fuerza laboral robótica para manejar la carga de trabajo. Para regular cómo se trata a esta fuerza laboral robótica, la ONU crea la "Nueva Convención de Ginebra", parte de la cual es la cláusula 21, que prohíbe la creación de robots que puedan hacerse pasar por humanos, a los que la población llama "niños huecos". Para hacer cumplir la cláusula 21, la ONU crea equipos especializados RUST . Cuando un niño hueco irrumpe en la sede de la empresa de robótica Bergen, después de descubrir que es un niño hueco y haber vivido su vida creyéndose humano, la ONU sospecha que la corporación Amada está detrás de su creación. Como resultado, se envía un equipo RUST para llevar al director ejecutivo de Amada ante el consejo de seguridad de la ONU para que dé respuestas. Binary Domain pone al jugador en el papel de Dan Marshall, líder del equipo RUST enviado a Tokio para detener al director ejecutivo de Amada. El juego gira en torno a un combate en tercera persona, en escuadrones y a cubierto. Los jugadores se enfrentarán en gran medida a ejércitos de robots enviados por Amada para detenerlos, pero en lugar de poder simplemente disparar y matar a los robots, pueden desmembrarlos estratégicamente: quitarles los brazos evitará que disparen, quitarles las piernas los ralentizará, etc. Sin embargo, es posible que esto no los derribe de forma permanente, momento en el que tendrán que realizar un trabajo adicional. Como este también es un juego basado en escuadrones, los jugadores también podrán usar a su escuadrón para ayudarlo a derribar a algunos de los oponentes más grandes al hacer que concentren el fuego en puntos específicos. Binary Domain también tiene reconocimiento de voz, por lo que los jugadores también pueden dar comandos de voz a los compañeros de escuadrón de IA si tienen un auricular para hacerlo. Sin un auricular, el controlador estándar para cada consola tendrá comandos adjuntos a ciertos botones. Los compañeros de escuadrón de IA también tendrán un 'Medidor de confianza', que muestra cuánto confían en el jugador con su vida, cuanto más alto sea el medidor de confianza, más riesgo estarán dispuestos a tomar. El medidor se puede llenar o vaciar durante el combate, así como al dar respuestas correctas o incorrectas durante las conversaciones que tienen lugar durante los niveles.