Secret Agent Clank tiene al personaje Clank de la serie Ratchet & Clank tomando el liderazgo en esta aventura. Ratchet es enviado a prisión, y depende de Clank en su personaje de Agente Secreto salvarlo y, de paso, ¡salvar al universo entero! Ratchet es un personaje jugable en prisión y lucha contra todos sus peores enemigos a los que puso tras las rejas. El fanfarrón héroe de la serie, Qwark, intenta entrar en acción y sigue a Clank por todos lados, atribuyéndose el mérito de sus logros. Puedes jugar como Qwark y ayudarlo a completar sus exageradas historias. La jugabilidad de Clank combina sigilo y acción. También aparece en un juego de ritmo para varias infiltraciones de espías cinemáticas y varios desafíos de conducción. Ratchet presenta su juego de correr y disparar en arenas similares a los otros juegos de la serie. Qwark tiene una variedad de batallas contra jefes y otros desafíos de juego que cambian a medida que revisa sus cuentos fantásticos.