Un día, un estudiante transferido llega a la Academia Kurenai en Shinjuku. Durante un recorrido por la escuela con la presidenta de la clase, Sayuri Mifune, ven un fantasma: una niña con un vestido blanco. Momentos después, un fantasma malvado con un abrigo rojo aparece y los ataca. Su compañero de clase Masamune Shiga aparece con una misteriosa mujer llamada Chizuru Fukurai y, con la ayuda del nuevo estudiante, exorcizan al fantasma. Después de la batalla, Fukurai explica: "Soy el director ejecutivo de una empresa llamada Gate Keepers, Inc. Recibimos consultas de personas para derrotar a los fantasmas malvados". Shiga trabaja a tiempo parcial para ella. Ella le dice al estudiante transferido que tiene la capacidad de sentir fantasmas y lo invita a unirse a Gate Keepers. Él acepta.
Así es como el estudiante transferido -tú- comienza su vida en Gate Keepers. Ese momento marca el comienzo de sus batallas de vida o muerte contra los fantasmas que acechan en la oscuridad de Tokio.